Lato w Bahrajnie jest nieprzyjemne, ponieważ wysokie temperatury często łączą się z dużą wilgotnością. Temperatury w południe od maja do października przekraczają 90 ° F (32 ° C), często osiągając 95 ° F (35 ° C) lub więcej; letnie noce są parne i wilgotne. Zimy są chłodniejsze i przyjemniejsze, a średnie temperatury od grudnia do marca spadają do 21°C. Opady deszczu są ograniczone do miesięcy zimowych i wynoszą średnio tylko 3 cale (75 mm) rocznie, ale mogą się one wahać od prawie zera do podwojenia tej ilości. Średnio deszcz pada tylko około 10 dni w roku. Słońce świeci przez cały rok. Dominującym wiatrem jest wilgotny, północno-zachodni szamal; qaws, gorący, suchy południowy wiatr, występuje rzadziej i przynosi piasek, kurz i niską wilgotność.
Podczas gdy małe wyspy w obu grupach są skaliste i nisko położone, wznoszące się zaledwie kilka stóp nad poziom morza, główna wyspa ma bardziej zróżnicowany wygląd. Pod względem geologicznym wyspa składa się z delikatnie pofałdowanych warstw skał osadowych: wapieni, piaskowców i margli (luźna glina, piasek lub muł) powstałych w okresie kredy, paleogenu i neogenu (tj. od około 145 do 2,6 mln lat temu). . Centralny region jest skalisty i jałowy, wznosi się na 134 stopy (134 metry) nad poziomem morza na wzgórzu Al-Dukhān (Jabal Al-Dukhān), najwyższym punkcie kraju. Południowe i zachodnie niziny składają się z ponurej, piaszczystej równiny z kilkoma słonymi bagnami, podczas gdy północne i północno-zachodnie wybrzeża stanowią uderzający kontrast, tworząc wąski pas palm daktylowych i ogrodów warzywnych nawadnianych z obfitych źródeł i studni, w których czerpie się woda artezyjska. Źródłem tej wody są opady w zachodnich górach Arabii Saudyjskiej. Obfitość słodkiej wody zapewniła Bahrajn żyzną ziemię, z której historycznie zyskał na znaczeniu jako port i centrum handlowe w Zatoce Perskiej. Rozwój gospodarczy i wzrost liczby ludności przewyższyły dostępną wodę artezyjską w kraju, a około trzy piąte używanej wody pochodzi z zakładów odsalania wody morskiej zasilanych gazem ziemnym.